В 1988 году в Алматы началось активное строительство метрополитена. Но распад СССР в 1991 году и последовавший за этим разрыв хозяйственных и экономических связей не позволили в полной мере осуществить строительство Алматинского метрополитена, многие вопросы остались нерешенными из-за ликвидации ряда министерств и ведомств. И это стало причиной значительного отставания в сроках строительства метро.

1990-е годы явились периодом создания собственной материально-технической и научной базы метростроения. Несмотря на минимальное финансирование, продолжалась проходка перегонных и эскалаторных станций, подходных выработок к станциям глубокого заложения, а главное, были сохранены опытные кадры инженеров и рабочих.