В 1988 году в Алматы началось активное строительство метрополитена. Но распад СССР в 1991 году и последовавший за этим разрыв хозяйственных и экономических связей не позволили в полной мере осуществить строительство Алматинского метрополитена, многие вопросы остались нерешенными из-за ликвидации ряда министерств и ведомств. И это стало причиной значительного отставания в сроках строительства метро.

1990-е годы явились периодом создания собственной материально-технической и научной базы метростроения. Несмотря на минимальное финансирование, продолжалась проходка перегонных и эскалаторных станций, подходных выработок к станциям глубокого заложения, а главное, были сохранены опытные кадры инженеров и рабочих.

В 1992 году был создан первый в Казахстане тоннельный отряд. С целью создания единой структуры управления строительством первой очереди метрополитена и рационального использования выделенных ресурсов
решением главы Алматинской городской администрации от 15.06. 1992 г. № 221 на базе Управления по координации, проектирования и строительству метро и треста «Алматыметрострой» создано ПСО «Алматыметрострой».

В 1994 году на основании постановления Алматинского городского территориального комитета госимущества и приватизации от 31.03. 1994 г. образовано ОАО «Алматыметрокурылыс».

В 2005 году Президент Нурсултан Назарбаев утвердил «Программу развития города Алматы до 2010 года», в рамках которой строительство метро оказалось в списке приоритетных инвестиционных проектов. С этого момента фактически идет отсчет нового этапа в истории метрополитена. Возобновилось финансирование, причем оно шло в значительно больших объемах, чем на первоначальном этапе в советский период. В результате, менее чем за 7 лет, выполнено около 90% всех строительно-монтажных работ, в отличие от предыдущих 16 лет.

В 2011 году АО «Алматыметрокурылыс» сдал в эксплуатацию первую очередь линии Алматинского метрополитена. Общая протяженность первой очереди составляет 8,56 км, и включает в себя семь станций. Это: «Райымбек», «Жибек-Жолы», «Алмалы», «Абай», «Байконур», «Театр им. Ауэзова» и «Алатау». Линия первой очереди расположена от пр. Райымбека под ул. Фурманова до пр. Абая, и далее с поворотом в западном направлении до пр. Гагарина.

Вместе с тем идет строительство тоннеля второй очереди, которая включает в себя 5 станции и будет
соединять центр города с поселком Калкаман. Её протяженность составляет 8,62 км.